Апелляционный трибунал 24 апреля 2013 года ввел в авиакомпании функцию наблюдения. Трибунал отменил определение арбитража Дагестана от 31 января 2013 года, когда заявление компании Mixjet Fliqht Support (ОАЭ) о банкротстве авиакомпании было оставлено без рассмотрения. Республиканский арбитраж 11 сентября 2013 года признал авиакомпанию нулем. Высший арбитражный трибунал РФ в апреле 2013 годаотказал в пересмотре в порядке надзора постановления о аннулировании у авиакомпании сертификата эксплуатанта. Арбитраж Москвы 31 мая 2012 года отклонил иск авиакомпании, которая требовала отмены соответственного приказа Росавиации. Апелляция и кассация подтвердили законность этого решения.
Правительство РФ в апреле 2012 года передало в собственность республики Дагестан 100% акций авиакомпании «Авиалинии Дагестана». Из документа следует, что правительство Дагестана до 2015 года планировало на критериях государственно-частного партнерства привлечь инвестиции в размере более 150 миллионов рублей в реконструкцию и модернизацию имущества авиакомпании, также в развитие инфраструктуры аэропорта Махачкалы. В мае 2012 года глава республики Магомедсалам Магомедов сказал, что власти Дагестана хотят включить ОАО «Авиалинии Дагестана» в список проектов приватизации.
Авиапарк перевозчика включает 11 воздушных судов - три самолета Ту-154М, один Ту-154Б-2, два Ту-134Б, один Ан-24РВ, вертолеты Ми-8 и Ми-8МТВ.